wmode属性とbgcolor属性の値をtransparentに設定するだけでok。
Edgeには未来を感じますが、IE9以上でないと画像の回転などに対応出来ないなど、ブラウザの対応状況が微妙なのが難点。
しかし、Adobe自身はHTML5＋CSS3で構成できるEdgeに力を入れたいようなので、Flashの今後が気になります。
まぁ、ここまで普及したFlashが、早々消えるとは思えませんし、Airにしても、Flashへの互換はあるようなので徐々に移行する程度の気構えでも特に問題は無いかもしれません。
もっとも、キャバクラや風俗サイトなどで多く見られる、単に画像をフェードインフェードアウトさせる程度の動作だったら、EdgeかjQueryで書いてしまう方が巷のiPhone、iPadに対応できる分いいかもしれませんにゃー。